ChatGPTに聞けばわかることだが，一応メモしておく．私が使っているEmacsには内蔵のMozcがあるので，システム上のIMは不要である．しかし，他のアプリでMozcを使っている状態でEmacsに切り替えると，外部のMozcが有効化なままになるので非常に不便．
アプリの.desktopファイルのExecの部分を，以下のように変更すればよい．
Exec=env XMODIFIERS=@im=none GTK_IM_MODULE=xim QT_IM_MODULE=xim /usr/bin/emacs %F